فنوتیپهایی که بوسیله ژنهای موجود بر روی کروموزوم X معین میشوند دارای توزیع جنسی والگوی وراثتی مشخصی هستند که بسادگی قابل تشخیص میباشند. در حدود 500 ژن بر روی کروموزوم X تاکنون نقشه برداری شده است که 70% آنها همراه فنوتیپ بیماری هستند. مثلاً در هموفیلی A که ناشی از موتاسیون در ژن فاکتور انعقادی VIII است مردان دارای دو و زنان سه ژنوتیپ احتمالی خواهند بود.

غیر فعال شدن کروموزوم X
(فرضیه لیون)

1- گرچه مردان تنها دارای یک دوز از هر ژن وابسته به X و زنان دارای دو دوز از آن هستند مقدار محصول تولیدی در آنها برابر است. مکانیسمی که از طریق آن جبران دوز (dosage compensation) صورت گرفته است را بوسیله اصل غیرفعال شدن کروموزوم اضافی X یا فرضیه لیون (Lyon hypothesis) توضیح میدهند.

2- این فرضیه حاوی 3 نکته است:

الف- در سلولهای سوماتیک پستانداران ماده تنها یکی از کروموزومهای X فعال است. دومین کروموزوم X متراکم و غیرفعال باقی میماند و در مرحله اینترفاز سلول بصورت Barr body ظاهر میشود.

ب- غیر فعال شدن بلافاصله بعد از لقاح آغاز میشود اما تا پایان هفته اول نمو کامل نمیشود. در این مرحله اپی بلاست شامل چیزی حدود 100 سلول است. غیر فعال شدن یکی از دو X در هر یک از سلولهای مذکور کاملاً تصادفی است اما وقتی یک X در یک سلول غیرفعال شد تمام سلولهای حاصل از آن دارای همان X غیرفعال هستند.

ج- بنابراین کروموزوم X غیرفعال در سلولهای مختلف یک شخص میتواند پدری (Xp) یا مادری (Xm) باشد.

3- اگرچه در سلولهای سوماتیک زنان قسمت عمده کروموزوم X غیر فعال میشود اما نواحی از آن از غیر فعال شدن میگریزند و لذا ژنهایی که در این نواحی واقع اند در هر دو کروموزوم X زنان بیان میشوند. این ژنها در سه رده جای میگیرند:

الف- دسته اول از این ژنها، ژنهایی هستند که بر روی نواحی شبه اتوزومی قرار دارند. بوسیله این نواحی که دارای توالیهای جور بر روی کروموزوم Y هستند کروموزومهای X و Y در میوز جفت شده و از طریق کراسینگ آور مواد خود را مبادله میکنند.

ب- دومین رده از این ژنها، ژنهایی هستند که در خارج از ناحیه شبه اتوزومی قرار دارند اما دارای کپی های مشابهی بر روی کروموزوم Y هستند. از آنجا که ژنهای اخیر در هنگام میوز در کراسینگ آور با کروموزوم Y شرکت نمیکنند وراثت شبه اتوزومی را نشان نمیدهند.

ج- سومین رده از این ژنها، ژنهایی هستند که در مجاورت نواحی شبه اتوزومی قرار دارند ولی فاقد کپی بر روی کروموزوم Y هستند مثل ژن استروئید سولفاتاز (که نقص آن ایجاد بیماری پوستی ایکتیوز مینماید) لذا سطح بیان آن در زنان بسیار بالاتر از مردان است.